Forskning og udvikling er en integreret del af HedeDanmarks forretning. På en række områder udvikler HedeDanmark alene – eller i samspil med kunder – nye løsninger inden for grøn service, skov og land og rådgivning. HedeDanmarks ledelse og medarbejdere indgår derfor i en række arbejdsgrupper ved danske universiteter og forskningsinstitutioner. Formålet er blandt andet at udvikle nye økonomiske og miljømæssigt optimale løsninger.
HedeDanmark igangsatte ved udgangen af 2008 en Erhvervs-PhD under forsknings- og Innovationsstyrelsen og i samarbejde med Københavns Universitet, Center for Skov og Landskab. Formålet er at udvikle et økonomisk og miljømæssigt bæredygtigt system for dyrkning af pil til energi-afgrøde i Danmark. Udviklingsprojektet er udtryk for, at HedeDanmark ønsker at opbygge viden og kompetencer på området med henblik på at kunne udvikle det til et separat forretningsområde. Pil som energi-afgrøde ventes at kunne supplere den nuværende levering af flis fra skove, da behovet for biomasse ventes at stige kraftigt de kommende år. | 
